|
Wetenschappers brengen genoom KHV in kaart |
|
|
|
|
Geschreven door Dennis Barten
|
|
Monday 12 March 2007 |
|
Virologen uit Japan, Israël en de Verenigde Staten hebben het complete genoom van drie verschillende KHV-stammen in kaart gebracht. De studie heeft de deur wijd opengezet voor verder onderzoek.
Volgens het onderzoek heeft het KHV-virus (officieel CyHV-3 geheten) een genoom met een lengte van 295 kilobasenparen. Het is daarmee veruit het langste genoom dat je in de herpesvirusfamilie kunt vinden. Drie stammen werden aan een grondige analyse onderworpen: een Japanse, een Israëlische en een Amerikaanse.
Zeker 15 genen kunnen worden gekoppeld aan homologen (genetische equivalenten) in het genoom van het verwante meervalvirus IHV-1 (Ictalurid Herpes Virus-1). Daarmee wordt, zo zijn de onderzoekers van mening, de plaatsing van KHV in de herpesvirusfamilie bevestigd. Twijfel over die indeling bestaat al geruime tijd en werd nog eens extra gevoed door recent onderzoek , waarover KOI 2000 in augustus 2006 berichtte.
Wildtype
De virologen schrijven in hun onderzoek dat de verschillende stammen uit één wildtype zijn ontstaan. Dat wildtype zou 156 genen tellen, waarvan er acht in de periferie liggen. Dat maakt ze extra gevoelig voor mutaties. Het is dan ook dat gebied dat verantwoordelijk is voor de verschillen tussen de drie onderzochte stammen.
De mutaties in deze regio leiden ertoe dat bepaalde eiwitten niet meer (goed) worden aangemaakt. In het onderzoek wordt daarom de stelling geponeerd dat het verlies van genen in relatie staat tot de manier waarop het virus zich gedraagt en over de wereld verspreid. De deur voor verder (moleculair) KHV-onderzoek is nu wijd geopend.
Bron: Aoki T, Hirono I, Kurokawa K, Fukuda H, Nahary R, Eldar A, Davison AJ, Waltzek TB, Bercovier H, Hedrick RP (2007): Genome sequences of three koi herpesvirus isolates representing the expanding distribution of an emerging disease threatening koi and common carp worldwide. Journal of Virology.
Lees ook:
Twijfel over identiteit KHV
Wat is een gen?
|
Koi Base 
